El templo es de una sola nave de elevada altura, sus dimensiones son: 34 metros de altura, 53 metros de longitud y 18 metros de ancho, resultó de la supresión de los arcos y muros que separaban las tres naves de la Iglesia primitiva, de la elevación de los muros exteriores, de la ampliación por el este con la construcción de un nuevo ábside gótico pentagonal, con cinco grandes ventanales de fina tracería (tres tapados ahora por el retablo) y bóveda lateral.
Su construcción se inició por la Puerta del Perdón, (fachada oeste), por lo que el ábside es la parte más moderna del edificio. Es poligonal y está cubierto por una gran bóveda de nervios que se unen en la clave, la cual tiene forma de florón dorado colgante. En cinco de sus lados tuvo grandes ventanas, tres de las cuales en la actualidad se encuentran tapiadas por el retablo.
La cubierta de la nave está formada por tres grandes bóvedas de crucería, dos de las cuales, las más próximas a los pies, fueron cerradas por Antonio de Ecija en el año 1500, y la tercera se terminó de construir en 1514, cuyos arcos se apoyan en medias columnas adosadas. Tradicionalmente en estas bóvedas ondeaban diversos estandartes reales, que tras su utilización en la coronación de los reyes eran donados a esta iglesia, y permanecían allí hasta que, con el paso de los años, terminaban por caerse.
En cada clave de las bóvedas se sitúan los escudos de las cuatro órdenes Militares de Santiago, Calatrava, Alcántara y Montesa.
En el Presbiterio, modificado en numerosas ocasiones, se pueden apreciar cinco ventanales góticos, dos de los cuales quedan adaptados, a principios del siglo pasado (1908) , suprimiendo su fina tracería, para dos vidrieras que representan: una, la Inmaculada ; la otra, la figura de cuerpo entero con ornamentos sagrados de un Santo Padre. Ambas bajo templete neogótico, adornado su gablete con el Sagrado Corazón de Jesús. Han sido recientemente restauradas (1998). Los tres ventanales restantes se encuentran cegados detrás del Retablo.
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